شوراهای تخصصی برای اجرای وظایف سازمان تجارت جهانی و عموماً زیر نظر شورای عمومی تشکیل می‌شوند. این شوراها به‌صورت تخصصی وظیفه بررسی و تدوین موافقتنامه‌های عمومی را بر عهده دارند و هر یک از آنها مسئول اجرای موافقت نامه های سازمان جهانی تجارت در قلمروهای تجاری مربوط است. ین شوراها متشکل از تمامی اعضای سازمان است و دارای نهادهای وابسته هستند. اگرچه حیطه کاری این نهادها محدودتر است، اما آنها همچون شوراهای تخصصی متشکل از تمامی اعضای سازمان تجارت جهانی بوده و گزارش کار خود را به شورای عمومی ارائه می کنند. این شوراها عبارت‌اند از :

• شورای تجارت کالاها

The Council for Trade in Goods -Goods Council

• شورای تجارت خدمات

The Council for Trade in Services -Services Council

·

• شورای جنبه های تجاری حقوق مالکیت فکری

The Council for Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights -TRIPS Council