دبیرخانه سازمان جهانی تجارت که مقر آن در کشور سوئیس و در شهر ژنو می باشد مسئول اداره امور اداری سازمان تجارت جهانی است. در حال حاضر دبیرخانه سازمان جهانی تجارت حدود 700 کارمند دارد و عمده فعالیت های آن مربوط به مذاکرات الحاق اعضای جدید و ارائه مشورت های لازم به کشورهای متقاضی عضویت در سازمان می باشد.

در رأس دبیرخانه مدیرکل قرار دارد که توسط شورای عمومی انتخاب می شود.مدیر کل با همکاری معاونان خود امور دبیرخانه و بخش های مختلف آن را اداره می کند.

اولین مدیر کل سازمان جهانی تجارت «پیتر ساترلند» آخرین مدیر کل گات بود که برای مدتی پس از تأسیس این سازمان مدیر کلی آن را نیز بر عهده داشت. دومین مدیرکل سازمان جهانی تجارت «رناتو روجیرو» از ایتالیا بود که دوره چهارساله او که از سال 1995 آغاز شده بود در آوریل سال 1999 به پایان رسید. سومین مدیرکل سازمان جهانی تجارت آقای مایک مور از استرالیا بود که تا از سال 1999 تا سال 2002 در این منصب قرار داشت. چهارمین مدیر کل سازمان جهانی تجارت آقای سوپاچای پانیچ پاکدی از تایلند بود که از سال 2002 تا سال 2005 عهده دار این مسولیئت بود. مدیر کنونی سازمان جهانی که در واقع پنجمین مدیر کل این سازمان می باشد آقای پاسکال لامی از کشور فرانسه است که از سال 2005 عهده دار این سمت شده است.